Можно руками, но это изврат, да и клиентам всегда необходим детализированный отчет. Всегда пользовал для данной цели горячо любимый AllSubmitter, но последнее время их парсер выдает сущий бред, заставляя сомневаться в моих способностях, надеюсь грядущий апдейт софтины исправит ситуацию.
А пока я нашел альтернативу, причем абсолютно бесплатную, программа SESpider, все поисковики присутствуют, региональность, выгрузка отчета в эксель, также в дополнение имеется проверка релевантности и параметров сайта, сделал тестовую проверку позиций по 40 кеям, всё адекватно.
Рекомендую скачать тем кто нуждается.